Le Secrétaire Exécutif assure le fonctionnement de l'ensemble des services. Il assiste, à titre consultatif, aux réunions du Conseil d'Administration et de l'Assemblée Générale et assure, sous l'autorité du Président, l'exécution de leurs décisions.
Le Secrétaire Exécutif doit, dans les trois (3) mois de sa nomination, soumettre à l'examen et approbation du Conseil d'Administration, un programme d'activités et un projet de budget de l’APCM Bénin. Il tient régulièrement informé le Conseil d'Administration de l'exécution de son mandat. Les agents de l’APCM Bénin sont recrutés par le Secrétaire Exécutif.